A FMJ iniciou seu programa de residência no Hospital de Clínicas de Franco da Rocha em 1975 através da iniciativa do professor de cirurgia geral Prof. Dr. Paulo Branco. Os professores Antônio Carlos Pereira Barreto e Fausto Haruki Hironaka, foram os primeiros coordenadores dos programas da Clínica Médica, juntamente com o professor Fernando Augusto de Almeida na dermatologia, e os professores Aníbal Cipriano da Silveira e Luiz José Attílio Fiore dentro da psiquiatria. Atualmente todos os Programas do Departamento são credenciados pela Comissão Nacional de Residência Médica. O Programa de Residência de Clínica Médica da FMJ é reconhecido pelo MEC e Sociedade Brasileira de Clínica Médica, sendo coordenado por mais de 10 anos pelo professor Marco Antonio Dias e desde 2014 está sob a responsabilidade do professor Luís Henrique Bignotto e conta atualmente com um total de 30 residentes que atuam em diversos extratos da saúde do aglomerado urbano e cidade de Jundiaí. Possui como campo de exploração o Hospital de Caridade São Vicente de Paulo, Ambulatório de Especialidades da FMJ, Unidade Saúde da Família e o recentemente incorporado Hospital Regional de Jundiaí. Os serviços prestados ao município e região incluem atividades em enfermarias, cuidados pré-operatórios, atenção básica, atividades em unidades de terapia intensiva em níveis terciários, assim como assistência em enfermarias. Recém incorporados ao programa, os estágios de onco hematologia e cuidados paliativos têm apresentado grande destaque e futuro promissor, assim como o incentivo a pesquisa através da assistência integral de docentes da faculdade em todas as unidades e estágios.