Um grupo de jundiaienses ilustres ousou propor a criação de uma Faculdade que promovesse a cidade de Jundiaí e se tornasse motivo de orgulho para seus cidadãos.  Encontraram apoio no Prefeito Municipal Prof. Pedro Fávaro, que em 12 de março de 1968 criou a autarquia Faculdade de Medicina de Jundiaí e o primeiro diretor foi  o Dr. Jayme Rodrigues, cidadão jundiaiense, cirurgião dos mais conceituados, virtuoso e de caráter irrepreensível.

Recebeu colaboração da Prefeitura e dos muitos amigos da cidade e da Faculdade de Medicina da USP, berço de sua formação médica. Trouxe também professores da Escola Paulista de Medicina e da UNICAMP. Na época, eram 60 vagas e a faculdade fez convênio com hospitais da cidade, de modo especial o Hospital de Caridade São Vicente de Paulo, para a realização do Internato.

A década atual foi de crescimento acelerado. A Faculdade teve modernizadas as condições de ensino, suas instalações físicas foram melhoradas e ampliadas, com a construção de novo andar no prédio sede, estacionamento confortável, novas salas de aulas, criação de novos cursos de especialização.

Criou-se condições para a pesquisa na própria Faculdade, havendo a implantação do PIBIC (Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica) para os alunos, e do NAPED (Núcleo de Apoio à Pesquisa e à Docência) para os professores, além do Fundo de Pesquisa.

A implantação do Hospital Universitário inaugurado em outubro de 2003, sonho antigo que proporcionou a integração da Faculdade com o serviço municipal de saúde.

No período mais recente, a pesquisa teve grande avanço, graças aos professores ligados à FAPESP (Fundo de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo), implantando laboratórios de pesquisa e incentivando outros docentes. 

A criação da pós-graduação stricto sensu, o Mestrado Acadêmico, foi uma consequência, cujo sucesso está relacionado com a qualidade dos trabalhos produzidos e a constância dos professores orientadores. Hoje também com o Doutorado Acadêmico, conquistado em Julho de 2016.

A FMJ adquiriu novo prédio localizado na Vila Arens (Rua Lobo de Rezende) com mais de 15 salas de aula, auditórios e laboratórios. Essa expressiva conquista favorece a solidificação da qualidade do ensino na FMJ pelo incremento de cerca de 50% da área física da Instituição. A Unidade 2 começou  a funcionar no primeiro semestre de 2017.

Em 2020, mais um importante passo foi alcançado, a instituição irá inaugurar a Unidade 3 com foco na Pesquisa e o prédio esta localizado  defronte para Unidade 1.

Uma grande conquista em 2001 foi a compra do Hospital Santa Rita, que a partir desse ano foi utilizado como Hospital-Escola da Instituição. Depois de mais de 30 anos de história, os alunos da FMJ passaram a contar, pela primeira vez, com seu próprio hospital. E as negociações para a obtenção do mesmo, mostram mais uma vez a harmonia entre a Instituição e o Poder Público. O imóvel foi desapropriado em sessão histórica da Câmara Municipal no dia 6 de novembro. A partir de 18 de abril de 2002, a Faculdade de Medicina ocupou o prédio e disponibilizou atendimento médico gratuito à população. A mudança colaborou com os hospitais da cidade, em especial com o Hospital São Vicente de Paulo, proporcionando conforto para a população e separando o atendimento materno-infantil.