O Departamento tem dois objetivos evidentes desde sua formação:
1-Colaborar com um ensino médico de alta qualidade dentro da Faculdade de Medicina de Jundiaí (FMJ), desde a formação médica do discente até o aperfeiçoamento dentro da especialidade Clínica Médica aos médicos residentes e estagiários que passam por nossa Instituição.
2-Participar da promoção à saúde e assistência ao paciente enfermo dentro do sistema municipal de saúde de Jundiaí e região de abrangência municipal e estadual.
Complementarmente, nosso Departamento tenta promover a melhor informação em saúde tanto para a população leiga como para os colegas profissionais de saúde de toda a região.
Ainda, nossos docentes orientam pesquisas com alunos e pós-graduandos da FMJ afim de complementar o ensino regular e promover a ciência nacional.