O CET- FMJ tem como hospital sede o Hospital Universitário. Nele são realizados procedimentos cirúrgicos e obstétricos pelo SUS na cidade de Jundiaí-SP.
Possui também, estágios em hospitais afiliados ao CET: O Hospital São Vicente de Paulo, Hospital Regional de Jundiaí e o Hospital Paulo Sacramento, que permitem uma formação completa do Anestesiologista nas áreas de: