O curso de mestrado em Ciências da Saúde é reconhecido pela CAPES pela portaria nº 656, de 22 de maio de 2017.

A FMJ encontra-se fortemente inserida na saúde pública de Jundiaí e região, contribuindo com a organização e desenvolvimento social, econômico, político e sanitário. Neste sentido, o programa visa favorecer a expansão da base científica nas questões ligadas à saúde, estreitando os laços entre a graduação e pós-graduação e integrando a sociedade com a pesquisa e a academia.